San Pablo será el rival del equipo de Rodolfo Arruabarrena en cuartos de final de la Copa Sudamericana. El equipo paulista superó 3 a 1 a Bolívar, en el Morumbí y consiguió pasar la serie (habían empatado 1 a 1 en La Paz). Consiguió el objetivo con Jonathan Calleri, capitán y ex Xeneize, que metió el segundo gol, de penal. Boca tiene 12 partidos oficiales en sus antecedentes con el Tricolor: cinco ganados, cuatro perdidos y tres empatados.
El primer cruce, por la Copa de Oro 1993 (un torneo que solo se jugó tres veces en el siglo anterior), el Xeneize ganó 1 a 0 de local e igualó 1 a 1 de visitante, con gol de Manteca Martínez, por lo que pasó a la final (victoria ante Atlético Mineiro).
El siguiente cruce fue en la Supercopa 94, un torneo que reunía a los campeones de la Libertadores. El Xeneize, al mando de César Luis Menotti, ganó 2 a 0 de local y perdió 1 a 0 de visitante, por lo que pasó a la final (derrota ante Independiente).
En 1995, también por la Supercopa, Boca volvió a enfrentarse a San Pablo y perdió los dos partidos, con Silvio Marzolini de entrenador y Arrubarrena en el equipo.
En 1999, por la primera fase Copa Mercosur, el Xeneize, al mando de Carlos Bianchi, le ganó 5 a 1 en la Bombonera, con un triplete del Melli Guillermo Barros Schelotto. La revancha: 1 a 1.
En 2006, fue por la Recopa (Boca como ganador de la Sudamericana). Boca fue campeón con un global de 4 a 3.
El último recuerdo, de 2007, por Copa Sudamericana. Boca venció 2 a 1 en la Bombonera pero perdió 1 a 0 en el Morumbí. En esa época existía la regla del gol de visitante que daba ventaja en caso de igualdad en puntos y tantos, por lo que pasaron los paulistas ante los de Miguel Russo.
Jesús Dátolo, Martín Palermo y Rodrigo Palacio festejan ante San Pablo, por la Recopa 2006.El historial de Boca ante San Pablo
07/07/1993: Copa de Oro Boca 1-San Pablo 0
10/07/1993: Copa de Oro San Pablo (Bra) 1-Boca 1
19/10/1994: Supercopa Boca 2-San Pablo 0
26/10/1994: Supercopa San Pablo 1-Boca 0
13/09/1995: Supercopa San Pablo 1-Boca 0
10/10/1995: Supercopa Boca 2-San Pablo 3
31/07/1999: Copa Mercosur Boca 5-San Pablo 1
08/09/1999: Copa Mercosur San Pablo 1-Boca 1
07/09/2006: Recopa Boca 2-San Pablo 1
14/09/2006: Recopa San Pablo 2-Boca 2
19/09/2007: Copa Sudamericana Boca 2-San Pablo 1
26/09/2007: Copa Sudamericana San Pablo 1-Boca 0
Palermo festeja un gol a San Pablo en la Sudamericana 2007.En esta serie, a falta de la oficialización de las fechas por la Conmebol, Boca definirá de visitante.
