Hacía tiempo que José de San Martín acariciaba el sueño de entrar en Lima y terminar con el centro del despotismo español en América. El 20 de agosto de 1820, la expedición libertadora partió del puerto chileno de Valparaíso. La escuadra estaba formada por 24 buques con 239 cañones y conducía a unos 4.800 soldados.
El 12 de septiembre la flota fondeó frente al puerto peruano de Pisco. Allí el ejército se proveyó de víveres y aumentó sus efectivos con los pobladores locales, entre ellos esclavos que se sumaban voluntariamente.
Una división al mando del general Juan Antonio Álvarez de Arenales se dirigió al interior del Perú con el objetivo de sublevar a la población y obtuvo la victoria de Pasco el 6 de diciembre de 1820. Por su parte, San Martín ordenó bloquear el puerto de Lima, El Callao.
Mientras todo esto ocurría, en España una revolución había llevado a los liberales al poder. Fernando VII, para salvar el trono, tuvo que aceptar y jurar la constitución.
En Lima se vivían las consecuencias. El virrey Pezuela no podía controlar a su ejército, que estaba dividido entre liberales y monárquicos. Esto facilitó los planes de San Martín y llevó al virrey a proponerle un armisticio. Pero el Libertador le exigió el reconocimiento de la independencia peruana, a lo que Pezuela no estaba dispuesto.
La guerra continuó entonces por mar y tierra hasta que, el 12 de julio de 1821, el ejército libertador entró victorioso en la capital virreinal.
El pueblo de Lima le entregó a don José el estandarte de Pizarro.
Habían pasado casi tres siglos desde que el conquistador y genocida Francisco Pizarro había usurpado el trono de los incas para instalar la miseria, la corrupción, la tortura y el saqueo en el Perú.
Cuando el Libertador entró en Lima, en el Perú aún había más de diez mil españoles que conservaban una enorme influencia social y económica. Lógicamente, se convertirán muy pronto en acérrimos enemigos de un San Martín que venía a arruinarles los negocios.
El 28 de julio el hombre de Yapeyú cumplió su sueño de proclamar la independencia del Perú. Se formó un gobierno independiente que otorgó a San Martín el título de Protector del Perú, con plena autoridad civil y militar.
En un principio, el general se había negado a aceptar el cargo, pero el clamor popular y los consejos de su amigo y secretario, Bernardo de Monteagudo, le hicieron recordar que el peligro realista no había desaparecido, que las fuerzas del virrey se estaban reorganizando y que su presencia era imprescindible para terminar con el dominio español.
Debió enfrentar graves dificultades financieras y continuar la guerra contra los realistas, que seguían resistiendo en el centro y el sur.
En cada ciudad liberada fundaba una biblioteca y en su primer testamento de 1818 destinó sus libros para la de Mendoza. Luego creó la biblioteca de Santiago de Chile. Ahí dijo: “Las bibliotecas, destinadas a la educación universal, son más poderosas que nuestros ejércitos para sostener la independencia”.
Parte de su colección personal de libros fue donada a la Biblioteca Nacional de Lima.
Fue entonces cuando señaló: “Los días de estreno de los establecimientos de ilustración, son tan luctuosos para los tiranos como plausibles a los amantes de la libertad. La Biblioteca Nacional es una de las obras emprendidas que prometen más ventajas a la causa americana. Todo hombre que desee saber, puede instruirse gratuitamente en cuanto ramo y materia le convenga.”
La Universidad de San Marcos de Lima le concedió el primer título de Doctor Honoris Causa, el 20 de octubre de 1821.
